사장님 실무가이드

부가세 임차보증금에도 세금이 붙나요?

2026.10.24 실무가이드 부가세

상가·사무실 임차보증금은 월세와 달리 일반적인 임대용역 대가가 아닐 수 있습니다. 보증금, 권리금, 월세, 관리비, 원상복구비를 계약서와 세금계산서에서 구분해야 부가세 과세 여부와 매입세액 공제를 정확히 판단할 수 있습니다.

임대차계약의 보증금·차임·관리비·권리금 항목을 분리하고 세금계산서 발급 내용을 대조하세요.
보증금이라는 명칭만으로 부가세가 없다고 단정하거나, 관리비를 모두 월세로 처리하지 마세요.

핵심 기준부터 확인하세요

임차보증금은 반환 조건과 성격을 확인하고, 월세·관리비·시설사용료·권리금은 각각 공급 내용과 세금계산서 발급 여부를 확인합니다.

임대인이 관리비를 실제 비용으로 정산하는지 별도 용역으로 제공하는지에 따라 증빙과 매입세액 처리가 달라질 수 있습니다.

항목	확인할 내용	자료
보증금	반환·상계 조건	임대차계약·영수증
월세	임대용역 기간·공급가액	세금계산서·이체
관리비	실비 정산·용역 제공	관리비 명세
권리금	시설·영업권 대가	양도양수·계약서

임차보증금·월세·관리비를 금액별로 나누는 예시

계약 항목	금액 예시	부가세 확인
임차보증금	상가 보증금 3,000만원, 반환 조건 명시	보증금 자체와 월세를 분리하고 반환·상계 내역을 보관
월세	월 110만원(공급가액 100만원·부가세 10만원)	임대용역 기간별 세금계산서와 이체액을 대조하고 사업 관련분만 공제 검토
간주임대료	보증금에 대한 간주임대료를 10만원으로 가정	임대인이 신고할 과세표준인지 확인하고, 간주임대료 자체는 세금계산서 발급·매입공제 여부를 별도 확인
퇴거 정산	보증금에서 원상복구비 55만원 차감	보증금 반환과 수선·공사 용역의 공급자를 구분해 증빙을 수취

과세 부동산 임대의 보증금에는 간주임대료가 계산될 수 있고, 그 부가세 부담 주체와 세금계산서 발급 여부가 월세와 다를 수 있습니다. 국세법령정보시스템 임대보증금 간주임대료 부가세 질의회신을 기준으로 계약서·세금계산서·정산서를 항목별로 대조하세요.

거래 단계	금액 예시	세금계산서·장부 처리
원 매출	공급가액 100만원·부가세 10만원, 외상 총액 110만원	거래처에 원 세금계산서를 발급하고 110만원 매출채권으로 기록
팩토링 양도	금융기관 입금 104만5천원, 할인·수수료 5만5천원	원 매출 110만원은 유지하고 입금액·수수료·채권잔액을 분리
채무자 직접 상환	거래처가 금융기관에 110만원 지급	양도계약의 소구권·회수 구조를 확인하고 원 채권 원장을 종결
부도·미회수	채권 110만원 중 33만원 회수 불가	부도·법적 회수불능 증빙이 있는지 확인한 뒤 대손세액공제 가능성 검토

제공 형태	금액 예시	신고 전 확인
공익단체 기부	상품 원가 100만원·부가세 10만원, 10개 기부	기부처·수량·취득세액 공제 여부와 수령증을 연결해 자가공급 여부 검토
거래처 판촉	샘플 55만원(부가세 포함) 제공	광고·판촉 목적과 배포대장을 남기고 사적 선물과 구분
직원 선물	명절 물품 33만원, 직원 10명 지급	복리후생·급여·개인 사용 여부와 수령확인을 기록
폐기	유통기한 경과 재고 22만원	폐기일·수량·사진·업체 확인서를 보관해 무상 제공과 구분

지출 상황	금액 예시	확인할 처리
직원 전용 식사	직원 10명 식사 11만원(부가세 1만원 포함)	복리후생 목적·대상·공급받는 자 증빙을 확인하고 접대비와 분리
거래처 식사	거래처 동석 식사 11만원(부가세 1만원 포함)	접대성 지출인지 표시하고 매입세액 불공제 여부를 별도로 검토
직원 기념품	직원에게 상품권·물품 33만원 지급	지급명세·수령확인·급여성 여부와 자가공급 가능성을 함께 확인
공용 간식	휴게공간 간식 5만5천원(부가세 5천원 포함)	사업장 공용 사용인지 대표자·가족 소비인지 구매·사용기록으로 구분

사용처	금액 예시	신고 전 판단
대표자 개인 사용	사업용 카메라 취득가액 220만원, 현재 시가 110만원	공제받은 매입세액과 개인 전환일을 확인하고 자가공급 과세 여부 검토
사업 홍보 샘플	제품 55만원을 박람회에서 무상 배포	행사계약·배포명단·사진으로 사업 목적을 입증하고 개인 증여와 구분
직원 복지 제공	직원에게 상품 33만원 제공	복지·급여·판매 중 실제 성격과 공제 이력을 확인해 별도 기록
폐기	유통기한 경과 재고 11만원	폐기확인서·수량·사진을 남기고 개인 사용이나 무상 제공과 혼동하지 않기

전환일 보유 항목	기록 예시	처리 확인
상품 재고	취득가액 110만원(부가세 10만원 포함), 전환일 잔량 40%	실사 수량·판매원장을 확인하고 재고매입세액 또는 재고납부세액 법정 산식에 대입
감가상각자산	냉장고 취득가액 1,100만원, 전환일 현재 사용 중	취득일·과거 공제액·사용기간·자산 종류를 확인해 조정 대상인지 검토
전환 전 판매분	전환일 직전 상품 66만원(부가세 포함) 판매	전환일 재고에서 제외하고 판매일 과세기간 신고와 매출원장을 대조
단순 비율 계산	과거 부가세 10만원 × 잔량 40% = 4만원	4만원은 설명용 산술일 뿐 실제 공제·납부액은 법정 산식과 승인 절차로 확정

비교 상황	예시	확인할 점
일반과세 적용 희망일	2026년 7월 1일부터 일반과세를 원함	포기신고서 제출 시점과 실제 적용일을 홈택스·세무서에서 확인
설비 매입	설비 공급가액 1,000만원·부가세 100만원	일반과세 전환 후 사업 관련 매입인지, 세금계산서 수취시기를 확인
매출 구조	월 과세 매출 600만원, 소비자 거래 중심	일반과세 매출세액·가격 표시와 간이과세 계산 결과를 같은 기간으로 비교
포기 후 기간	2026년 7월 1일부터 포기	적용받고자 한 날부터 3년이 되는 날이 속한 과세기간까지 일반과세 의무가 이어질 수 있음

휴업 중 지출	금액 예시	공제 검토
사업장 임차료	공급가액 100만원·부가세 10만원, 2개월 후 재영업 계획	임대차·재개 계획과 실제 사업장 유지 사실이 있으면 사업 관련성 검토
설비 수선	공급가액 200만원·부가세 20만원	재개 후 사용할 설비인지 수선계약·사진·재개일을 연결
개인 창고 사용	공급가액 100만원·부가세 10만원	사업장을 개인 보관공간으로 쓴 기간은 사업 관련성 부족으로 불공제 검토
재개 광고	공급가액 50만원·부가세 5만원	재개 예정 업종·광고 대상·계약기간을 남기고 실제 사업 전환 여부 확인

카드 거래	금액·일자 예시	신고 반영
폐업 전 매출	6월 30일 공급가액 100만원·부가세 10만원, 7월 5일 카드 입금	입금일이 늦어도 폐업 전 공급분으로 최종 신고하고 PG 정산서를 보관
폐업 전 주문 환불	6월 29일 11만원 승인, 7월 3일 전액 취소	원 승인번호·취소전표를 연결해 매출 감액 또는 수정 반영 검토
PG 수수료	총 카드매출 110만원, 수수료 3만3천원, 순입금 106만7천원	순입금만 매출로 잡지 말고 총매출과 수수료를 분리 기록
폐업 후 신규 주문	7월 1일 새 주문 55만원	폐업일 이후 공급인지 사업자 상태·공급일을 확인해 별도 조치

폐업일 재고	금액 예시	신고 전 확인
폐업 전 판매	공급가액 300만원, 부가세 30만원	판매일·세금계산서 또는 카드매출·정산일을 폐업 과세기간에 반영
잔존 상품	폐업일 시가 55만원(부가세 포함으로 가정)	매입세액 공제 여부와 자산 종류를 확인한 뒤 단순 계산상 5만원 세액 가능성을 검토
매입세액 불공제 재고	면세 매입 원재료 22만원	공제받지 않은 재화인지 증빙으로 확인하고 잔존재화 과세 여부를 구분
폐기 재고	유통기한 경과 식재료 11만원	품목·수량·폐기일·사진·폐기업체 자료를 남겨 실제 폐기 사실을 입증

양도 항목	금액 예시	확인할 처리
사업 전체 양도	재고 1,000만원·시설 2,000만원·임대차·인력 승계	권리·의무와 사업 동일성이 실제로 유지되는지 계약·인수목록으로 확인
재고만 매각	공급가액 500만원, 부가세 50만원	개별 재화 공급이면 세금계산서·공급시기·신고기간을 별도로 검토
시설 일부 매각	중고 장비 공급가액 300만원, 부가세 30만원	자산별 매각일·대금·세금계산서 발급 여부를 계약서와 대조
보증금·미수금	임대보증금 1,000만원, 기존 미수금 200만원	승계 여부와 양도 대상에서 제외되는 권리·의무를 계약서에 명시

거래	금액 예시	처리 기준
공동 매장 월매출	공급가액 2,000만원, 부가세 200만원	공동사업장 전체 매출세액으로 신고하고 개인 인출액으로 줄이지 않기
동업계약 지분	갑 60%, 을 40%	부가세 매출 2,000만원은 그대로 두고, 부가세 신고 후 소득·손익 배분 자료에 지분을 적용
공동 매입	공급가액 1,000만원, 부가세 100만원	사업장 명의 세금계산서와 사업 관련성을 확인해 매입세액 공제 검토
중도 탈퇴	6월 15일 탈퇴, 6월 16일 이후 단독 거래	효력일 전후 매출·매입·재고를 나누고 등록 정정과 정산합의서를 함께 보관

상황	금액 예시	신고 전 확인
본점과 지점이 별도 등록	본점 공급가액 1,000만원·부가세 100만원, 지점 500만원·부가세 50만원	각 사업장 매출·매입과 신고서를 따로 대조
사업자단위과세 등록	두 사업장 공급가액 합계 1,500만원, 매출세액 합계 150만원	본점에서 총괄 신고하더라도 사업장별 명세와 귀속자료를 보관
본점이 공용비용 결제	공용 매입 부가세 10만원, 본점 60%·지점 40%	임차계약·사용면적·배부표로 6만원과 4만원을 배분
재고를 지점으로 이동	본점 창고에서 지점으로 원가 330만원 이동	외부 판매인지 내부 이동인지 거래관계를 먼저 확인하고 중복 매출을 막기

비용 구분	계산 예시	신고 반영
면세 전용 교재	부가세 1만원, 면세 강의에만 사용	면세사업 관련 매입세액으로 전액 불공제
과세 전용 포장재	부가세 2만원, 과세 상품 판매에만 사용	사업 관련 증빙이 있으면 2만원 전액 공제 검토
공용 임차료	부가세 10만원, 과세 공간 65%·면세 공간 35%	6만5천원과 3만5천원을 나누고 면적·도면을 보관
공용 직원 시간	면세 업무 40시간, 과세 업무 60시간	근무표로 40%를 면세 관련으로 기록하고 공통분 산식을 설명

신고 전 처리 순서

임대차계약과 특약을 읽고 금액 항목을 나눕니다.
임대인 세금계산서의 품목·공급가액·세액을 확인합니다.
보증금 반환·상계·원상복구 조건을 기록합니다.
월세·관리비·시설비의 매입세액 공제 여부를 검토합니다.
퇴거·계약변경 시 정산자료를 보관합니다.

실무자료와 자주 놓치는 부분

임대인이 보증금과 월세를 한 장의 세금계산서로 발행하면 항목별 내역을 보완 요청하세요. 금액 성격이 섞이면 공제 판단이 어려워집니다.

관리비에 실제 용역과 공과금이 섞이면 부가세 표시와 매입세액 공제 여부를 항목별로 확인해야 합니다.

임대차계약서·특약
보증금 영수증·이체내역
월세·관리비 세금계산서
관리비 명세서
퇴거 정산서

상황별 적용 예시

보증금 1,000과 월세·관리비를 각각 지급하는 경우 보증금은 반환·상계 조건으로 관리하고 월세·과세 관리비의 세금계산서를 별도로 검토합니다.

퇴거하면서 보증금에서 원상복구비가 차감되면 보증금 반환과 공사·수선 거래를 나눠 확인하세요.

검토자가 마지막에 묻는 질문

질문	답변에 필요한 근거
어느 과세기간 거래인가?	공급시기·인도·검수·정산일
누가 공급자·공급받는 자인가?	사업자등록·계약·세금계산서
금액은 총액인가 순액인가?	주문·수수료·환불·정산서
매입세액을 공제할 수 있나?	사업 관련성·불공제·증빙
수정이 필요하면 무엇을 고치나?	원본번호·수정사유·신고 영향
제출 후 상태를 확인했나?	접수증·납부·환급·거래처 반영

<p임대보증금 원금과 월세는 구분하되, 과세 상가 임대에서는 보증금에 대한 간주임대료가 생길 수 있습니다. 계약 기간·보증금·월세를 나눠 기록하세요.

공식 자료를 마지막으로 대조하세요

<p임대보증금 원금과 월세는 구분하지만, 과세 임대에서는 보증금에 대한 간주임대료가 계산될 수 있습니다. 보증금·임대기간·월세 조건을 계약서에서 나눠 국세법령정보시스템 임대보증금 간주임대료 부가세 질의회신 기준 및 홈택스 부가가치세 신고·조회 임대매출 자료와 대조하세요.

많이 헷갈리는 질문

임차보증금에도 부가세가 붙나요?

보증금의 성격과 임대용역 대가 여부를 계약서로 확인해야 합니다.

관리비는 모두 매입세액 공제되나요?

관리비 명세와 세금계산서, 사업 관련성을 항목별로 봐야 합니다.

권리금도 부가세가 있나요?

권리금의 구성과 양도 대상, 계약 당사자를 확인해야 합니다.