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종합소득세 사업소득·근로소득 합산 신고 방법, 연말정산 후 확인

2026.08.20 실무가이드 종합소득세

직장에서 받은 근로소득과 사업으로 번 사업소득이 같은 과세기간에 있었다면, 회사에서 연말정산을 했더라도 종합소득세 신고 대상이 될 수 있습니다. 연말정산은 근로소득에 대한 중간 정산이고, 사업소득까지 반영한 최종 세액은 종합소득세 신고에서 다시 계산합니다.

신고할 때는 두 소득을 통장 입금액으로 단순히 합치는 것이 아니라, 근로소득금액과 사업소득금액을 각각 계산한 뒤 합산합니다. 근로소득에서 이미 원천징수된 세금과 사업소득에서 뗀 3.3%도 기납부세액으로 반영합니다.

연말정산을 했는데도 신고해야 하는 경우

상황 종합소득세 확인 먼저 준비할 자료
회사 급여만 있고 연말정산 완료 다른 종합소득이 없다면 보통 추가 신고가 필요하지 않을 수 있음 근로소득 원천징수영수증
급여와 개인사업 매출이 함께 있음 사업소득과 근로소득을 합산해 신고 원천징수영수증, 매출·경비 장부
급여와 3.3%를 뗀 용역비가 함께 있음 지급명세서에 잡힌 사업소득을 확인해 합산 신고 지급명세서, 계약서, 경비 증빙
연중 퇴사·이직과 사업소득이 있음 같은 귀속연도의 모든 근로소득과 사업소득을 함께 반영 모든 근무지 원천징수영수증, 사업자료

근로소득만 있는 사람도 두 회사의 급여를 합산하지 못한 채 연말정산이 끝났다면 종합소득세 신고가 필요할 수 있습니다. 사업소득이 있었는지와 별개로, 근무지·소득 종류가 누락됐는지 먼저 확인하세요.

근로소득은 원천징수영수증에서 확인합니다

근로소득은 급여 통장에 들어온 실수령액을 그대로 입력하는 방식이 아닙니다. 원천징수영수증의 총급여, 근로소득금액, 결정세액, 이미 낸 세금과 연말정산 공제 반영 여부를 확인해야 합니다.

  • 연중에 근무한 회사가 여러 곳이면 회사별 원천징수영수증을 모읍니다.
  • 중도 퇴사했다면 전 직장의 원천징수영수증이 현 직장 연말정산에 합쳐졌는지 확인합니다.
  • 연말정산에서 반영한 부양가족·보험료·교육비를 종합소득세에서 다시 중복 공제하지 않습니다.
  • 원천징수영수증의 결정세액은 사업소득까지 포함한 최종 세액이 아니라 근로소득에 대한 정산 결과입니다.

사업소득은 매출에서 경비를 뺀 금액으로 계산합니다

사업소득은 사업 매출 전체가 곧 소득금액이 아닙니다. 장부신고라면 실제 사업 관련 필요경비를 차감하고, 경비율 신고라면 해당 신고 방식과 업종별 경비율을 적용해 사업소득금액을 계산합니다.

온라인 판매·배달앱·프리랜서 용역처럼 3.3%가 빠진 소득은 입금액만 보지 마세요. 거래처가 지급한 총액, 원천징수된 세금, 실제 사업 관련 비용을 각각 확인해야 합니다. 3.3%는 일반적으로 소득세 3%와 지방소득세 0.3%를 미리 낸 금액이므로, 신고 때 기납부세액으로 반영할 수 있는지 지급명세서와 함께 대조합니다.

사업 자료 확인할 기준
카드·현금·계좌이체 매출 취소·환불을 구분한 실제 수입금액
배달앱·오픈마켓 정산서 총 주문매출, 할인, 수수료, 정산액 분리
프리랜서 지급명세서 총 지급액과 원천징수세액 확인
사업용 비용 사업 관련성, 금액, 세금계산서·카드전표 등 증빙
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두 소득을 합산해 세금이 계산되는 흐름

  1. 근로소득 원천징수영수증에서 근로소득금액을 확인합니다.
  2. 사업 매출에서 필요경비를 반영해 사업소득금액을 계산합니다.
  3. 두 소득과 합산 대상인 다른 소득을 합쳐 종합소득금액을 계산합니다.
  4. 소득공제를 반영해 과세표준을 구하고 세율을 적용합니다.
  5. 세액공제·감면을 반영한 뒤 근로소득 원천징수세액, 사업소득 원천징수세액, 중간예납 등 기납부세액을 뺍니다.
  6. 납부할 세액이 있으면 신고와 납부를 모두 마치고, 환급이면 계좌와 처리상태를 확인합니다.

사업소득이 작더라도 근로소득과 합산하면 과세표준 구간이 달라질 수 있습니다. 반대로 사업소득에서 이미 낸 원천징수세액과 누락된 필요경비가 있으면 추가 납부액이 줄거나 환급이 생길 수도 있습니다.

실제 상황으로 보는 합산 신고

직장을 다니며 온라인 판매를 한 경우

회사 급여는 원천징수영수증으로 확인하고, 온라인몰 매출은 주문자료·정산서·취소자료로 집계합니다. 플랫폼 수수료를 정산액에서 빠졌다는 이유로 매출에서 함께 없애지 말고 매출과 수수료를 구분해 신고자료를 만드세요.

퇴사 후 프리랜서 용역비를 받은 경우

퇴사 전 급여와 퇴사 후 용역비가 같은 귀속연도에 있다면 둘을 따로 신고하는 것이 아니라 한 종합소득세 신고서에서 함께 확인합니다. 용역비 지급명세서에 잡힌 총액과 3.3% 원천징수액, 업무에 사용한 비용을 준비하세요.

두 회사의 급여와 사업소득이 모두 있는 경우

두 회사가 한 곳의 연말정산에 다른 근무지 소득을 합치지 않았다면 회사별 원천징수영수증을 모두 반영해야 합니다. 회사 급여를 하나라도 빠뜨리면 사업소득 계산이 맞아도 최종 세액이 달라집니다.

홈택스에서 신고하는 순서

  1. 홈택스에서 종합소득세 신고 화면을 열고 본인의 신고 유형을 확인합니다.
  2. 근로소득 원천징수영수증과 지급명세서가 조회되는지 확인합니다.
  3. 사업소득 매출·경비 자료를 준비해 사업소득 입력 단계에 반영합니다.
  4. 근로소득과 사업소득이 모두 신고서에 들어갔는지 소득금액을 확인합니다.
  5. 연말정산에서 이미 적용한 공제와 종합소득세에서 추가로 적용할 공제를 구분합니다.
  6. 원천징수세액과 3.3%가 기납부세액에 들어갔는지 확인한 뒤 제출·납부합니다.

신고 화면의 소득자료 자동채움은 자료를 입력하는 데 도움을 주지만, 모든 매출·경비가 자동으로 완성된다는 뜻은 아닙니다. 사업용 계좌와 카드, 플랫폼 자료를 별도로 맞춘 뒤 누락된 항목을 보완하세요.

합산 신고에서 자주 생기는 실수

  • 연말정산을 했다는 이유로 사업소득 신고를 생략합니다.
  • 사업 매출이 아니라 배달앱·플랫폼의 정산 입금액만 신고합니다.
  • 3.3% 원천징수액을 비용으로 보고 기납부세액에서 빼지 않습니다.
  • 여러 회사의 원천징수영수증 중 한 장을 빠뜨립니다.
  • 연말정산 때 받은 공제를 종합소득세에서 다시 적용합니다.
  • 사업 관련 경비를 증빙 없이 한꺼번에 넣거나 개인 지출을 섞습니다.

신고 전에 준비할 자료

구분 자료
근로소득 회사별 원천징수영수증, 지급명세서, 연말정산 공제자료
사업 매출 카드·현금영수증·계좌이체·플랫폼 정산·전자세금계산서 자료
사업 경비 사업용 카드내역, 세금계산서, 현금영수증, 임차료·급여 증빙
이미 낸 세금 근로소득 원천징수세액, 사업소득 원천징수세액, 중간예납 자료

관련 내용을 이어서 확인하세요

가족 공제까지 함께 확인해야 한다면 종합소득세 부양가족 공제 기준을, 원천징수된 세금이 최종 계산에서 어떻게 반영되는지 궁금하다면 종합소득세 기납부세액 확인 방법을 이어서 보세요.

종합소득세 신고 대상과 신고서 제출 기준은 국세청의 종합소득세 개요와 해당 귀속연도의 홈택스 신고 안내를 기준으로 최종 확인하세요.

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많이 헷갈리는 질문

종합소득세 사업소득과 근로소득 합산 신고은 모든 사업자에게 같은 기준으로 적용되나요?
아닙니다. 사업자 유형, 과세 여부, 신고 대상 기간과 매출·매입의 기준일에 따라 달라질 수 있으므로 기준일과 사업장 상태를 먼저 확인합니다.
처리 전에 무엇부터 준비해야 하나요?
분야에 맞는 원자료와 접수·계약·정산 결과를 모으고 조회기간·거래번호·변경일을 표시합니다.
자료가 서로 맞지 않으면 어떻게 하나요?
추정으로 고치지 말고 기간, 금액 단위, 취소·환불·조정 여부를 원자료와 다시 대조한 뒤 공식 경로로 문의합니다.
온라인으로 처리한 뒤 무엇을 보관해야 하나요?
제출 자료 사본, 접수번호, 결과 화면, 납부·정산내역과 다음 기한을 기준일과 함께 보관합니다.
기관이나 상대방의 설명과 자료가 다르면 어떻게 하나요?
차이가 나는 항목을 특정하고 확인 날짜·담당부서·근거자료를 적어 서면 또는 공식 문의로 답변을 남깁니다.
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