과세·면세 상품을 함께 팔면 사업자등록은 어떻게 하나요?

한 사업에서 부가가치세 과세 상품·서비스와 면세 상품·서비스를 함께 공급한다면 과세·면세 겸영으로 등록·신고해야 하는지 확인해야 합니다. 매출을 한쪽으로 몰아 신고하거나, 공통 비용의 매입 부가가치세를 전부 공제하면 정정과 추가 납부가 생길 수 있습니다.

1. 어떤 매출이 과세이고 면세인지 확인합니다

상품이나 서비스를 목록으로 만들고 각 항목의 공급 내용, 고객, 대금, 계약을 적습니다. 「부가가치세법」 제26조에 열거된 면세 공급인지 확인하고, 면세라고 생각한 활동에 과세되는 상품·부수 서비스가 섞이지 않았는지 살펴보세요. 업종코드만으로 각 거래의 과세 여부가 결정되지는 않습니다.

2. 사업자등록 신청 때 실제 활동을 함께 적습니다

1. 사업장 주소, 개업일과 운영 장소를 확정합니다.
2. 과세·면세 상품 및 서비스, 판매 채널, 매출처와 비용을 정리합니다.
3. 실제 활동에 맞는 업태·종목을 선택하고 과세·면세 활동을 신청서에 반영합니다.
4. 임차 사업장은 임대차계약서, 인허가 업종은 관련 허가·신고 자료를 준비합니다.
5. 홈택스 또는 관할 세무서에 신청하고, 등록증에 업종과 사업장 정보가 정확히 표시됐는지 확인합니다.

사업자등록은 사업 개시 전에 신청할 수 있습니다. 이미 영업을 시작했다면 사업 개시일부터 20일 이내 신청이 원칙입니다. 별도 인허가가 필요한 업종은 사업자등록과 영업허가·신고 순서를 따로 확인하세요.

3. 매입세액은 직접 사용분과 공통 사용분으로 나눕니다

과세사업에만 직접 사용한 적격 매입은 법정 공제요건과 증빙을 갖추면 매입세액 공제를 검토할 수 있습니다. 반대로 면세사업에 직접 사용한 매입세액은 원칙적으로 공제되지 않습니다. 임대료·전기료·공용 장비처럼 두 활동에 함께 쓴 비용은 먼저 실제 사용처를 나누고, 구분할 수 없는 부분은 부가가치세법 제40조와 시행령에 따라 안분합니다.

예를 들어 한 공간에서 면세 교육과 과세 교구 판매를 같이 하는 경우, 교육에만 사용한 교재·시설 비용, 상품 판매에만 쓴 포장비, 양쪽이 함께 쓰는 임차료를 구분해 기록합니다. 세금계산서를 받았다는 사실만으로 공통 비용 전액을 공제할 수 있는 것은 아닙니다.

신고할 때는 매출과 증빙을 맞춰 봅니다

• 과세 매출이 누락되지 않았는지 POS·온라인몰·계좌 자료를 대조합니다.
• 면세 매출은 과세 매출과 별도 집계하고 계산서·영수증 등 적합한 증빙을 보관합니다.
• 공통 비용 안분 근거와 사용 현황을 장부·계약서·시설 배치 등으로 남깁니다.
• 개인 면세사업자의 사업장현황신고와 종합소득세 신고도 해당 여부와 기한을 확인합니다.
• 새 과세 매출이 추가되면 사업자등록 정정이 필요한지 확인합니다.

자주 묻는 질문

면세사업자로 등록했는데 과세 상품도 팔아도 되나요?

가능 여부는 해당 상품과 거래 형태에 따라 다릅니다. 과세 공급을 시작하기 전에 겸영 등록·정정이 필요한지, 매출을 어떻게 구분할지 확인하세요.

공통으로 쓴 비용의 부가가치세는 어떻게 공제하나요?

실제 귀속을 구분할 수 있는 비용은 사용처에 따라 나눕니다. 구분이 불가능한 공통매입은 법정 기준에 따라 과세·면세 사용분을 안분합니다.

매출이 적으면 과세·면세 구분을 생략해도 되나요?

매출 규모가 작아도 공급의 과세·면세 성격은 그대로 판단해야 합니다. 적용 가능한 간이과세나 납부면제 여부는 별도 요건입니다.

관련 실무가이드

부가세 실무가이드에서 관련 글 보기 → 업종코드 조회·변경 방법 보기 →

공식 자료

• 부가가치세법 제26조 면세 공급
• 부가가치세법 제40조 공통매입세액 안분
• 부가가치세법 제39조 면세사업 관련 매입세액
• 국세청 사업자등록 신청 자료
• 국세청 사업장현황신고 안내

기준 확인일: 2026년 10월 14일. 각 상품·서비스의 면세 여부와 공통매입세액 계산은 실제 거래 및 증빙에 따라 달라집니다.