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업데이트: 2026-02-24

종소세 기납부세액

종합소득세 신고 시 이미 납부한 세액(기납부세액)을 올바르게 공제하는 방법, 대상, 주의점, 환급 흐름을 실무 관점에서 정리했습니다.

한 줄 요약
종소세 기납부세액 공제와 환급, 실무형 체크포인트

종소세 기납부세액 확인과 처리 방법 환급까지 한 번에 정리

설명보다 실행을 우선해 지금 바로 판단할 수 있도록 핵심 기준만 간결하게 정리했습니다.

중요: 종소세 기납부세액 적용 전 공식 기준과 최신 공고를 함께 확인하세요.

기납부세액 적용 핵심: 누가, 어떻게 확인하고 공제할까

종합소득세 신고 시 ‘기납부세액’은 이미 납부된 세액(예: 원천징수, 예정고지 등)을 최종 산출세액에서 빼주는 항목입니다. 올바른 적용이 누락되면 이중납부 또는 환급 지연이 발생할 수 있습니다.

1. 기납부세액 확인 경로

  • 국세청 홈택스 / My홈택스 / 종합소득세 신고 / 기납부세액 조회
  • 예정고지서, 원천징수영수증, 납부확인서 등 실물서류 재확인 필요

2. 실제 공제 처리 흐름

  1. 홈택스에서 자동 불러오기(일부 누락될 수 있어 서류 대조 필수)
  2. 신고서 내역에 기납부세액 직접 입력 가능(자동 불러오기와 수기 입력 모두 가능)
  3. 공제 누락 시 환급이 지연되므로, 최종 제출 전 대조 체크 필요

3. 업종, 규모, 과세유형에 따른 차이점

구분 특징 확인 포인트
간이과세자 예정고지세액 비율이 다름 예정고지서 명확히 대조
일반과세자 원천징수, 중간예납 등 다양 모든 원천징수 내역 포함 여부 주의
프리랜서/근로자 겸임 근로소득 원천징수와 합산 근로소득 원천징수영수증 필수 확인

4. 실무상 주의점 및 리스크

  • 자동 불러오기만 믿지 말고, 서류상 금액과 반드시 대조
  • 기납부세액 미기재 시 환급이 늦어지거나, 이중납부 발생
  • 예정고지, 원천징수 내역이 분실됐을 때는 홈택스에서 ‘납부내역’으로 재확인 가능(홈택스 / 조회/발급 / 납부내역조회 / 종합소득세)

5. 환급 절차 및 처리 기간

  1. 기납부세액 공제 후 환급금 발생 시, 신고서 제출 후 1~2개월 내 지급(국세청 일정에 따라 변동)
  2. 서류 누락, 금액 불일치 시 환급 지연 또는 보완요구
  3. 잔여 환급금은 홈택스 / My홈택스 / 환급금 조회에서 확인 가능

빠른 체크

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체크리스트 5개
지금 바로 실행할 순서만 빠르게 체크하세요.
1실행 순서 홈택스에서 기납부세액 자동 불러오기 후 서류와 대조
2서류 원천징수영수증, 예정고지서, 납부확인서 등 증빙자료 준비
3기한 종소세 신고 마감 전 기납부세액 입력·확인 필수
4예외 프리랜서 등 복수 소득은 근로/사업 원천징수 모두 확인
5리스크 기납부세액 누락 시 이중납부 또는 환급 지연 가능
FAQ 5개
자주 막히는 질문을 먼저 모아봤습니다.
종소세 신고 시 모든 사업자가 기납부세액 공제 가능한가?
원천징수나 예정고지 등 사전 납부내역이 있다면 사업자 유형과 상관없이 적용할 수 있습니다.
기납부세액은 언제까지 확인·입력해야 하나?
종합소득세 신고서 제출 전까지 반드시 확인·입력해야 합니다.
기납부세액 증빙자료는 무엇이 필요한가?
원천징수영수증, 예정고지서, 국세 납부확인서 등 실제 납부 내역을 증명할 수 있는 서류가 필요합니다.
기납부세액 누락 시 어떤 문제가 생기나?
세금을 이중으로 납부하거나, 환급이 지연될 수 있습니다.
기납부세액이 누락된 경우 나중에 환급받을 방법은?
정정신고 또는 경정청구를 통해 환급 요청이 가능하나, 처리 기간이 길어질 수 있습니다.

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